2005年

• 8月：世界物理年の記念行事として第1回物理チャレンジを開催（岡山県閑谷学校）。
  任意団体「物理チャレンジ・オリンピック日本委員会」が科学技術振興財団(JSF)の支援を受けて開催。

2006年

• 7月：国際物理オリンピック（IPhO）（第37回シンガポール大会）に初めて日本代表選手団を派遣。

2010年

• 4月30日：『世界水準の物理入門』刊行（丸善より）
• 10月31日：物理オリンピック日本委員会（JPhO）設立総会。
• 11月19日：設立申請書を内閣府に提出。

2011年

• 3月11日：NPO法人 JPhO設立認証。
• 3月23日：NPO法人としての登記完了、平成23年度のJSTとの契約をJPhOとして締結して活動開始。
• 9月：会報第1号発行。

2012年

• 4月1日：JPhO事務局を東京理科大学神楽坂校舎１号館13階に設置。日本物理学会事務局より移転。
• 5月20日：第１回プレチャレンジ（秋田県立秋田高等学校）。
• 5月26日：第１回通常総会（東京理科大学１号館111号教室）。
• 10月：ステップアップ研修スタート。

2014年

• 4月：『PhysicsOlympiad』刊行（WorldScientificより）

2015年

• 7月：IPhO国際役員会（インド）で、IPhO2022 日本大会が承認。

2018年

• 9月：ファーストステップ研修スタート。

2019年

• 6月：NPO法人から公益社団法人を目指した一般社団法人設立を承認。
• 7月：一般社団法人「物理オリンピック日本委員会」設立。

2020年

• 4月1日：公益社団法人「物理オリンピック日本委員会」設立。
• 7月12日：第１チャレンジ理論コンテストをオンライン形式で実施。新型コロナウイルス感染症の伝染拡大のため、物理チャレンジの実施形態を変更。
• 7月20・21日：ヨーロッパ物理オリンピック（EuPhO）・オンライン大会に参加。国際物理オリンピック2020が中止。
• 9月20日：第２チャレンジをオンラインで理論コンテストのみで開催。実験コンテストは中止。

2021年

• 5月17日～24日：アジア物理オリンピックに日本チーム初参加。

2022年

• 8月23日～26日：第２チャレンジを３年ぶりに現地開催（アクリエひめじ）。コロナ対策、リモート採点、ハイブリッド表彰式など新しい対策で現地開催。

2025年

• 2月3日：2025年度から第1チャレンジに、総合コースと理論コースの２つのコースを設置を発表。